税務署が青色申告者の更正をする場合には、申告書や添付書類で明らかな誤り等を除き、その者の帳簿書類を調査し、その調査によりこ れらの金額の計算に誤りがあると認められる場合に限り行うことができます。
また、税務署が青色申告者の更正をする場合には、 更正通知書にその更正の理由を附記することが義務付けられています。
更正・決定について
一般的には、税務調査等で申告内容に誤りを指摘された場合には、納税者自らが修正申告書を提出し、そもそも申告書を提出していない 場合には期限後申告書を提出する必要がありますので、税務署としては、納税者に修正申告書又は期限後申告書の提出を促すことになります。 これに納税者が従わない場合には、更正・決定をすることになります。修正申告に代わるものを更正、期限後申告に代わるものを決定といいます。 日本の所得税は申告納税制度を採用していますので、本来は、自ら申告し、自ら修正して納税額を確定することになりますが、更正又は決定は これに従わない場合の国家権力の行使ということになります（なお、簡易な誤りの場合等で便宜的に更正を行うケースも考えられますし、本人の 了解を得た上で修正申告の提出を促さず、更正するケースも考えられます。）。